Après la tempête de 1999, les abords du Hameau ont particulièrement souffert. Ce secteur est directement concerné par la plantation d’une grande partie des arbres adoptés depuis le lancement de la souscription « 10 000 arbres pour Versailles ».
Les travaux de replantation engagés en 1998 dans un premier secteur du jardin se sont déployés à une échelle beaucoup plus importante après les événements de 1999. Ainsi en 2003, on a pu retrouver les compositions en tableaux champêtres et les panoramas qu’affectionnaient la reine Marie-Antoinette et qui firent la célébrité de son jardin.